5-1 RINGSとは？

a) RINGSとは？
　RINGS (Resource for Informatics of Glycomes at Soka) は糖鎖（構造）解析のためのリソースです。 RINGS では、糖鎖を認識するタンパク質などが糖鎖のどの部分を認識しているかを予測するためのツールや、糖鎖間の共通部分木を探すツールなど、糖鎖解析に用いられる様々なツールが提供されています。RINGS のトップ画面は下のようになっています。また図 5.1 の画面をクリックすれば実際に RINGS のトップページに移動できます。

図 5.1　RINGS のトップ画面

糖鎖解析に用いられる様々なツールや糖鎖構造を表す形式を変換するユーティリティを公開している。

　RINGS には糖鎖構造のデータベースも含まれ、GlycomeDB と呼ぶ網羅的な糖鎖構造データベースと、RINGS 独自の糖鎖構造も含まれます。 RINGS の構造は 1996 年以降に文献から手動で抽出した糖鎖構造です。また、糖鎖関連の脂質やレクチンの情報も以下のデータベースから参照し、RINGS の構造とリンクされています。

    ●脂質
        -LipidMaps - http://www.lipidmaps.org/
        -LipidBank - http://lipidbank.jp/

    ●レクチン
        -CNRS のLectines - http://www.cermav.cnrs.fr/lectines/
        -Animal Lectins DB - http://www.imperial.ac.uk/research/animallectins/

　RINGS で糖鎖構造を表示する際、米国の Consortium for Functional Glycomics (CFG) [18] の提案されている単糖の標準シンボルを用いて糖鎖構造を表します。図 5.2 に CFG の標識を示したのでこれを参考にして下さい。

symbol_1.png(65704 byte)

図 5.2　RINGS で使用する各単糖のシンボル。

CFG [18] によって推薦されているシンボルである。

b) ツールとユーティリティ
　RINGS は二種類のプログラムを用意しています。図 5.1 を見ると、左側に示されているものが「ツール」で右側に示されているものが「ユーティリティ」です。ツールは主にデータマイニングの手法や数的モデルを用いたツールや、糖鎖構造を描画し、検索できるツールです。ユーティリティは、様々な糖鎖構造の表記法を変換できるツールのことで、まだ未完成ですが、 RINGS 以外で使われている表記法を RINGS のツールで解析できるよう、KCF 形式への変換ツールはほとんどカバーされています。 KCF 形式の例は図 5.3 に示します。また、マニュアル以外に、ダウンロードできるソフトとして、糖鎖構造を比較するツール(KCaM) 及び糖転移酵素の発現データから糖鎖構造を予測するプログラム(GlycoXSP) が提供されています。 KCaM [2] も GlycoXSP [17] も過去に発表されている手法を用いて開発されています。

kcf_1.png(59976 byte)

図 5.3　糖鎖の画像と KCF

　糖鎖の単糖情報を NODE で、糖結合情報を EDGE で表示している。 NODE の項目は、NODE 番号、単糖名、単糖の x 座標、y 座標を含み、 EDGE の項目は、EDGE 番号、結合している NODE 番号、配座情報を含んでいる。 EDGE での、結合している NODE 番号と配座情報は「：」で区切って表示されている。

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