「1-1 血液型と糖鎖」でも説明があったように、糖鎖は糖転移酵素に依存した修飾が連続的に起こることによって作られていきます。つまり、N型糖鎖やO型糖鎖のコア構造と糖転移酵素がわかっていれば原則的に付加される糖やその場所は推測することができます。しかし、DNA・タンパク質はそれぞれ塩基配列・アミノ酸配列が一直線であるのに対し、糖鎖の単糖配列は分岐構造なので糖鎖の生合成の予測はその複雑さゆえに困難になるのです。
そこで、本研究室では数学的なモデルで表すことにより、合成経路の予測ができるGPP（Glycan pathway predictor）が開発されました。
まだ知られていないものも存在し、全てを網羅することは困難ではありますが、GPPを利用すれば、教育的な面において、理論的に可能な糖鎖構造の全体像を見ることができます。また、時間と手間がかかってしまうノックアウト実験などの予測のためにパスウェイの変化を調べることもできる便利なツールです。
それでは実際にGPPを使ってみましょう！
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